La Región del Istmo es una parte estrecha de la República Mexicana, una franja de tierra de aproximadamente 100 km que separa al Golfo de México del Océano Pacífico. Ocupa el 18 % del territorio estatal. Por su tamaño, es la segunda región en importancia y se encuentra integrada por 35 municipios. Limita al norte con el estado de Veracruz, al este con el de Chiapas, al oeste con la Sierra de Oaxaca y la Sierra Madre del Sur y al sur con el Océano Pacífico.

El Istmo es montañoso por el oeste y con planicies en el este y La Costa. Hacia el lado norte, el Valle de Tehuantepec está bordeado por la Sierra Atravesada y las montañas de Ixtaltepec. Por el sur, un cinturón costero, paralelo al Océano Pacífico, desciende lentamente. Aquí, la tierra es arenosa y seca, con vientos fuertes. Lo bajo del terreno ha permitido la formación de lagunas de agua salada. Al oeste están las montañas del Tabaco. Hacia el este de Tehuantepec, el terreno es casi plano y sopla mucho viento, sólo se destacan algunas colinas pequeñas. Los montes del Sol y la Luna, en la Sierra Atravesada, están separados por un tajo, formado probablemente por el agua; este boquerón, de altos farallones, es el cañón por donde se abren paso las aguas del Río Zanatepec, el cual separa los montes del Sol y de la Luna en Zanatepec, distrito de Juchitán.

De la Sierra Atravesada surgen los afluentes del Río Coatzacoalcos: principalmente. los ríos Salado, Chivela, Encajonado y Sarabia, al unirse con el Jaltepec que nace del Cempoaltépetl; esto explica por qué el Coatzacoalcos es uno de los ríos más caudalosos de México. Además del Coatzacoalcos, los ríos principales del Istmo son el Tehuantepec que tiene agua todo el año y el Tequisistlán. Las aguas de estos dos ríos se unen y son aprovechadas para la agricultura mediante la presa Benito Juárez, construída en lo que fue el Valle de Jalapa del Marqués; la nueva población se localiza en las márgenes de la presa.

Otros ríos son el Ostuta, Niltepec, de los Perros y Chicapa que atraviesan las ciudades de Ixtepec, Ixtaltepec, Espinal y Juchitán.

De las costas oaxaqueñas, aproximadamente 125 km, le pertenecen al Istmo. Corresponden al distrito de Tehuantepec las ensenadas de Rosario de Ayuta, Santiago Astata, San Diego, Rincón Bamba y Morro Mazatán. Dentro del Golfo de Tehuantepec se ubica la Laguna del Marqués, famosa por la producción de sal. El puerto de Salina Cruz es terminal de los ductos de producción petrolera y. petroquímica provenientes de la Costa del Golfo, con una refinería de Petróleos Mexicanos. También ha sido asiento de una flota camaronera que atrapa esa especie en nuestro mar patrimonial del Pacífico y cuyo mercado es básicamente el extranjero.

Además encontramos la Bahía de la Ventosa, donde desagua el Río Tehuantepec, y la boca de San Francisco. Ato largo de la costa, en el distrito de Juchitán, y paralela a ésta, se encuentra la larga laguna costera conocida como Mar Muerto, que tiene una boca al mar en el estado de Chiapas. Los puertos naturales son Huatulco y Santa Cruz; hay varias islas pero todas muy pequeñas, la menos chica es Tagolava.

La mayor parte de la tierra que cubre el Valle de Tehuantepec es de aluvión y, por tanto, muy fértil. En muchas ocasiones, el suelo tiene hasta 10 m de profundidad. Por otra parte, el Istmo ha sufrido muchas inundaciones en temporada de lluvias y éstas han dejado una capa fértil que en mucho ha ayudado a la agricultura. La región tiene clima tropical con una época de secas y una de lluvias.

Durante la estación seca, el viento azota y forma remolinos en los planes de Juchitán y las sabanas de Tehuantepec. Los vientos en Juchitán son siempre fuertes. El período de lluvias en el Istmo empieza entre mayo y junio; en esta temporada llueve casi todos los días. El mes con mayores precipitaciones por lo general es septiembre, aunque se ha dado la ocasión de que sea julio.

La naturaleza del Istmo incluye grandes bosques en las montañas, al norte y al este; zonas de sabana cerca de Tehuantepec; amplios planes en Juchitán, y manglares y pantanos a lo largo de la costa. En la parte este del Río Tehuantepec hay una ancha banda de altas palmeras y árboles frutales como mangos, naranjos y aguacates. La vegetación de la costa del Istmo es de arbustos y manglares.

Entre los árboles maderables del Istmo se encuentra una variedad que abarca desde los tropicales hasta los de las altas montañas; así, tenemos especies de encina, laurel, caoba, gaupaque, pino, capulín, guanábana, aguacate, nanche, mamey, ciruelas y zapotes. Entre las plantas medicinales sobresalen el palo mulato, utilizado como sustituto de la quinina para la fiebre palúdica, y la zarzaparrilla.

También crecen agaves y yucas, además de todos los cultivos tradicionales: maíz, camote, chile y caña de azúcar, principalmente.

Entre los mamíferos silvestres que pueblan el Istmo se encuentran el jaguar, ocelote, puma, leopardo, varios tipos de zorro, especialmente el gris, coyote, perro de agua, tlacuache, venado de cola blanca, tapir, armadillo, conejo blanco; y en la región de Niltepec hay changos. Entre las aves se observan el halcón, zanate, águila, gorrión. En la selva están el faisán, colibrí; y en las lagunas patos y flamingos.

Uno de los animales silvestres mejor cotizados en el mercado es la iguana, abunda en la Región del Istmo y es un plato delicioso para los habitantes. También hay muchas serpientes; algunas inofensivas como la boa, mazacoatl o culebra 'venadera, voladora y la tilcoatl o culebra negra; metlapil o mano de petate, rabo de huesos_ nauyaca o cuatro narices y chachupaxtle.

En las costas del Istmo hallamos muchas clases de peces, como mojarra, lisa, guachinango, carpa; así como todo tipo de mariscos: camarón, pulpo, ostión, cangrejo y langosta. Entre los animales ponzoñosos se pueden encontrar tarántulas y alacranes; entre los insectos, mosquitos, moscos y zancudos. Las. abejas se dan gusto con las flores de la región y también hay gran variedad de mariposas y caballitos del diablo.